Fond za financiranje razgradnje NEK je u 2012. godini, odlukom Vlade Republike Hrvatske, preuzeo obvezu pripreme i provođenja stručnih aktivnosti kojima hrvatska strana sudjeluje u narednim revizijama Programa razgradnje i odlaganja RAO-a i ING-a iz NEK-a. Program odlaganja RAO-a i ING-a iz NEK-a mora biti usklađen s aktivnostima uspostave Centra za zbrinjavanje RAO u Republici Hrvatskoj i s time povezanim odnosima s javnošću, sukladno Strategiji zbrinjavanja radioaktivnog otpada, istrošenih izvora i istrošenoga nuklearnog goriva i važećem Nacionalnom programu provedbe Strategije.
Fond osim suradnje Vlade Republike Hrvatske i Vlade Republike Slovenije u svezi s prikupljanjem, očuvanjem i povećanjem vrijednosti sredstava za financiranje Programa razgradnje NE Krško i odlaganja RAO-a i ING-a iz NEK-a, aktivno surađuje sa IAEA-om (Međunarodnom agencijom za atomsku energiju), s kojom je Vlada Republike Hrvatske uskladila zakonodavstvo i postavlja temelje za licenciranje Centra za zbrinjavanje RAO u Republici Hrvatskoj prema najvišim normama EU-a. Također, Fond surađuje sa tvrtkama iz više zemalja EU koje se bave djelatnostima zbrinjavanja radioaktivnog otpada u različitim segmentima njihova poslovanja.