Primarnu odgovornost za zbrinjavanje radioaktivnog otpada ima njegov proizvođač (prouzročitelj), odnosno vlasnik postrojenja u kojemu otpad nastaje. Proizvođač mora osigurati da otpadne radioaktivne tvari nastaju u najmanjim mogućim količinama te osigurati potrebna financijska sredstva i druge pretpostavke koje su u njegovoj nadležnosti (npr. organizaciju zbrinjavanja dok se otpad nalazi u njegovom postrojenju). Djelatnost zbrinjavanja može se provoditi nakon ishođenja odobrenja nadležnog državnog tijela (Ministarstvo unutarnjih poslova). Međutim, nisu sve pretpostavke za zbrinjavanje otpada u nadležnosti proizvođača, a mora se uzeti u obzir i slučaj da on ne može ispuniti niti svoju financijsku odgovornost. Zato je općenito prihvaćeno i načelo da krajnju odgovornost za zbrinjavanje radioaktivnog otpada snosi država.
EU direktivom 2011/70/EURATOM uspostavlja se okvir za odgovorno i sigurno gospodarenje s radioaktivnim otpadom (RAO) i istrošenim nuklearnim gorivom (ING). Direktiva nalaže uspostavu kompetentnih i efikasnih nacionalnih sustava zbrinjavanja RAO-a i INg-a, a ti sustavi obuhvaćaju nacionalnu legislativu te regulatorni i organizacijski okvir. Direktiva kaže da je Republika Hrvatska odgovorna za svoj dio RAO-a i ING-a te da stoga mora donijeti detaljan nacionalni program zbrinjavanja spomenute vrste otpada. Temeljem Zakona o radiološkoj i nuklearnoj sigurnosti, Hrvatski sabor je u listopadu 2014. godine usvojio Strategiju zbrinjavanja radioaktivnog otpada, iskorištenih izvora i istrošenog nuklearnog goriva iz koje je razvijen Nacionalni program provedbe Strategije, za razdoblje do 2025. godine s pogledom do 2060. godine.
Republika Hrvatska se, zajedno sa Republikom Slovenijom, potpisom Međudržavnog ugovora te prihvaćanjem svih međunarodnih konvencija, direktiva i sl. obvezala razgraditi NE Krško i zbrinuti istrošeno nuklearno gorivo i radioaktivni otpad nastao radom i razgradnjom elektrane. Ugovor govori kako su Slovenija i Hrvatska suglasne da će osigurati učinkovito zajedničko rješenje za odlaganje RAO-a i ING-a, koje bi financirale u jednakim dijelovima. Ukoliko se ne postigne dogovor o zajedničkom rješenju odlaganja RAO-a i ING-a do kraja redovnog životnog vijeka elektrane, Republika Slovenija i Republika Hrvatska se obvezuju da će najkasnije dvije godine nakon tog roka završiti s preuzimanjem RAO-a i ING-a s lokacije NEK-a i to svaka po polovicu, te će samostalno snositi troškove svih onih aktivnosti zbrinjavanja koje nisu od zajedničkog značaja.
Na 13. sjednici Međudržavnog povjerenstva za praćenje provođenja Međudržavnog ugovora donesen je zaključak da zajedničko rješenje nije moguće. Iz navedenog proizlazi da će Slovenija i Hrvatska preuzeti i ukloniti s lokacije NEK-a po polovicu nisko i srednje radioaktivnog otpada (NSRAO-a) do 2025. godine, što je predviđeno i Trećom revizijom Programa odlaganja RAO-a i ING-a iz NEK-a.
Republika Hrvatska i Republika Slovenija su se odlučile na dugoročno suho skladištenje ING-a na lokaciji NE Krško i potom njegovo odlaganje u dubokoj geološkoj formaciji. Za rješavanje ovog pitanja postoje inicijative koje istražuju mogućnost zajedničkog, multinacionalnog rješenja. Ono što znamo jest da je mala vjerojatnost da bi se ovakav otpad mogao odlagati u Republici Hrvatskoj ili Republici Sloveniji.
Pored otpada iz NE Krško, Republika Hrvatska ima obavezu zbrinuti i odložiti institucionalni radioaktivni otpad i iskorištene izvore, koji nastaju u medicini, industriji, znanosti, vojnoj i javnoj uporabi.
Strategija i Nacionalni program predviđaju razvijanje rješenja za zbrinjavanje RAO-a i ING-a. Prema Nacionalnom programu osnovat će se Centar za zbrinjavanje radioaktivnog otpada na preferentnoj lokaciji Čerkezovac. U sklopu Centra će se uspostaviti središnje skladište za institucionalni radioaktivni otpad i iskorištene izvore te dugoročno skladište za polovicu operativnog nisko i srednje radioaktivnog otpada iz NE Krško.