Prema odredbama Statuta, najvažniji cilj Fonda je povećanje vrijednosti imovine Fonda radi osiguranja sredstava za provedbu Programa razgradnje i poslovi koordinacije pripreme i izrade Programa razgradnje i odlaganja radioaktivnog otpada i istrošenoga nuklearnog goriva iz NEK-a.
Misija Fonda proizlazi iz obveza preuzetih Međudržavnim ugovorom (“Narodne novine – Međunarodni ugovori”, br. 9/02).
Temeljna poslanja i ciljevi Fonda su:
- pravovremeno prikupiti polovicu sredstava potrebnih za provođenje Programa razgradnje NE Krško i zbrinjavanja radioaktivnog otpada (RAO) i istrošenoga nuklearnog goriva (ING). Prema važećem Programu razgradnje NE Krško (rev. 1 iz 2004. godine) Hrvatska elektroprivreda d.d., Zagreb uplaćuje u Fond 14,25 milijuna eura godišnje. Sredstva se uplaćuju do prestanka rada NE Krško, odnosno dok se ne ostvari planirani iznos sredstava utvrđen važećim Programom razgradnje;
- učinkovitim ulaganjem očuvati i povećati vrijednost sredstava tako da se osigura njihova dostatnost za razgradnju NE Krško i zbrinjavanje RAO-a i ING-a te kako se preuzete obveze ne bi neopravdano prebacivale na buduće generacije;
- u suradnji sa stručnom organizacijom u Republici Sloveniji i NEK-om kontinuirano raditi na redovitim revizijama Programa razgradnje NE Krško i Programa odlaganja radioaktivnog otpada i istrošenoga nuklearnog goriva NE Krško sukladno obvezama iz Međudržavnog ugovora kojima se definira visina potrebnih sredstava, tehnologije i scenariji razgradnje i zbrinjavanja RAO-a i ING-a te odnosi ugovornih strana;
- provoditi odredbe Strategije zbrinjavanja RAO-a, II-ja i ING-a i važećeg Nacionalnog Programa koje se odnose na poslove zbrinjavanja RAO-a i ING-a iz NE Krško i uspostavu Centra za zbrinjavanje radioaktivnog otpada u Republici Hrvatskoj.
Kako bi se stvorile pretpostavke uspješnog razvoja tih ciljeva, Fond je krenuo u ciljano okupljanje domaćih znanstvenih i stručnih potencijala te unaprjeđenje suradnje sa relevantnim međunarodnim organizacijama.